Schon zur späten Bronzezeit im 2. Jahrhundert vor Chr. wurde nachweislich die schützende Lage der Insel Wörth gesucht.

Deutliche Spuren hinterließen aber erst die Römer im 4./5. Jahrhundert nach Chr. Reste einer Schutzmauer zur Abwehr der Germanen, zeugen von einer Siedlung der ländlichen Bevölkerung. Man vermutet, dass zur Römerzeit gleichzeitig die ersten Bauwerke am Festland entstanden. 650 bekam der Ort Seehausen dann seinen Namen.

Im 7. Jh. errichtete ein bajuwarischer Adeliger einen Hof auf der Insel mit einer kleinen Kapelle - zu einer Zeit, in der die Mehrheit der Bevölkerung noch vom heidnischen Glauben geprägt war. Diese Kirche wurde mit dem Bau des Karolingischen Klosters im 8 Jh. zerstört. Von der reichen Ausstattung des Klosters erzählt ein erhaltenes Inventar. Die Bauern am Festland unterstanden fortan diesem Kloster Staffelsee.

Im 11. Jh. wurde das Kloster aufgelöst und aus der Klosterkirche wurde die Pfarrkirche für zehn Orte in der näheren Umgebung. Um das Gotteshaus auf der Insel ohne Boot erreichen zu können, baute man vom Festland einen Steg bis zur Insel Wörth. Durch eine Schenkung Kaiser Ludwig des Bayern kam der Staffelsee 1330 zum Kloster Ettal. Die Seehauser Fischer und die meisten Bauern in Seehausen unterstanden nun bis 1803 dem Kloster.

1773 wurde die Inselpfarrkirche in den Ort Seehausen überführt. Ihre schöne barocke Ausstattung wird immer viel bewundert. Auf der Insel wurde eine Kapelle errichtet, in der sich heute Brautpaare gerne trauen lassen.

Die Dorfbewohner lebten damals vor allem von der Landwirtschaft. Viele brauchten aber auch einen Nebenerwerb: Zinngießer, Kistler, Essigsieder usw. waren Berufe, die heute noch als Hausnamen vorhanden sind. Dreizehn Familien hatten auch ein Fischrecht, waren aber dem Kloster Ettal abgabenpflichtig.

Bekannt wurde Seehausen auch durch die Hinterglas-Malerei. Im 18. Jh. kam diese Kunst durch die Fam. Kirchmeir und Noder in unseren Ort und wurde von der Fam. Gege bis Ende des 20. Jh. weitergeführt. Selbst Gabriele Münter ließ sich von ihnen in dieser Kunst unterrichten.

Zur Gemeinde Seehausen gehören die Ortsteile Riedhausen und Rieden. Seehausen nennt man auch das "Fischerdorf am See", in dem sich seit Ende des 19. Jh. Gäste wohlfühlen.