In und um Seehausen stehen einige katholische Kirchen und Kapellen:
- St. Michael in Seehausen, erbaut aus den 1773/1744 abgebrochenen Steinen der damaligen Inselkirche auf der Insel Wörth. Eingeweiht 1782 durch Fürstbischof Wenzelslaus. Gestiftet mitsamt Pfarrhof und Schule von dem gebürtigen Seehauser Matthäus Rieger (1705-1775).
- Inselkapelle St. Simpert auf der Insel Wörth,
1838 im neoromanischen Stil als Ersatz für die abgebrochene Klosterkirche gestiftet. Stifter war der Münchner Unternehmer und in Rieden am Staffelsee geborene Josef von Utzschneider (1763-1840).
- Die Mauritius-Kapelle im Ortsteil Riedhausen, uralte, auf die Ortsgründung zugrückgehende Kapelle mit Wandmalereien aus dem 15. Jahrhundert.
- Die Kapelle St. Peter und Paul im Ortsteil Rieden, direkt neben dem Schloss Rieden. Aus dem 15. Jh. mit einem Hochaltar aus dem 17. Jh.
Die evangelisch-lutherische Christus-Kirche steht bereits wenige Meter auf Murnauer Flur. Das Pfarramt befindet sich schon auf Seehauser Flur.
